上海站到南京站共停19站，包括高铁、动车、城市铁路。共有2条线，一条走南通、扬州到南京，分别是上海西、安亭西、太仓南、太仓、常熟、张家港、南通西、如皋、海安、泰州、江都、扬州、南京。
一条走苏州、无锡、镇江到南京，分别是昆山南、苏州、无锡、常州、丹阳、镇江、南京。
截至2020年3月，上海到南京的动车车次和经过的站点具体如下：
一、D952次列车上海到南京经过的站点：
无锡。
二、D710次列车上海到南京经过的站点：
苏州。
三、D310次列车上海到南京经过的站点：
苏州、无锡、常州。
四、D306次列车上海到南京经过的站点：
苏州、无锡、常州。
三到五站，主要昆山、苏州、无锡、常州、镇江
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